Jurusan Kedokteran Muhammadiyah memiliki misi yang jelas, yaitu menjadi sebagai pusat kedokteran unggul di Indonesia ini. Untuk mencapai sasaran tersebut, berbagai inisiatif gigih diimplementasikan, termasuk peningkatan kualitas pelatihan, investigasi inovatif, dan pengabdian bagi keluarga luas.